GraphPad Prism8.0.0中文特別版科研繪圖工具

GraphPad Prism是一款非常專業(yè)的科研醫(yī)學(xué)生物數(shù)據(jù)處理繪圖工具，這款軟件中擁有非常多的數(shù)據(jù)分析圖表，還有更多的專業(yè)的數(shù)據(jù)。這款軟件被廣泛適用于生物醫(yī)學(xué)中心和制藥集團(tuán)，如果你剛好需要，就來(lái)本站下載使用！?。?/p>

GraphPad Prism使用教程

graphpad prism怎么看組內(nèi)p值和組

Prism一開(kāi)門(mén)，就彈出一個(gè)窗讓你選擇數(shù)據(jù)輸入格式，每種圖形、每種統(tǒng)計(jì)方法都各有對(duì)應(yīng)的格式，其核心也就是區(qū)分不同的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)。這個(gè)彈窗很重要，在之前GraphPad Prism作圖的單元課上，老談為我們作了仔細(xì)的講解，這里再稍稍回顧一下。

第1部分的列表給出了幾種數(shù)據(jù)格式的大類(lèi)，可以說(shuō)是按圖區(qū)分，也可以說(shuō)是按實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)區(qū)分;第2部分則是對(duì)第1部分的解釋和圖示說(shuō)明;第3部分則可選擇大類(lèi)下的細(xì)分類(lèi)別，再不懂的話下方還有軟件提供的演示數(shù)據(jù)集，看看實(shí)物也就懂了。

下面再簡(jiǎn)單了解一下第1部分中的幾個(gè)類(lèi)別。

XY：就是用一個(gè)XY坐標(biāo)系確定一個(gè)點(diǎn)的位置。最簡(jiǎn)單的是一個(gè)X坐標(biāo)、一個(gè)Y坐標(biāo)就確定了一個(gè)點(diǎn)。但實(shí)驗(yàn)嘛一般會(huì)有多幾個(gè)樣本，所以一個(gè)點(diǎn)的Y(或X)坐標(biāo)可以有幾個(gè)值(replicate values)，這樣便可計(jì)算出平均值標(biāo)準(zhǔn)差等，畫(huà)出誤差線。

也可從別處計(jì)算好平均值標(biāo)準(zhǔn)差，在這里直接輸入計(jì)算好的值。但這不提倡，因?yàn)樵趲追N軟件之間倒來(lái)倒去很容易出錯(cuò)，盡量簡(jiǎn)單點(diǎn)。從下面的演示數(shù)據(jù)列表中可以看出，適用的方法有線性回歸、非線性回歸、劑量應(yīng)答曲線等。下面幾種都是這樣一一看下去。

Column：字面意思是柱狀圖，其實(shí)代表一大類(lèi)設(shè)計(jì)類(lèi)型，其分組的指標(biāo)就1個(gè)。比如治療組和對(duì)照組，它們只有干預(yù)方式不同。適用的分析方法有t檢驗(yàn)、單因素ANOVA等。

Grouped：示例圖也是一種柱狀圖，但跟Column對(duì)比一下就看出了差別，它的分組指標(biāo)有2個(gè)，所以也叫二維柱狀圖。比如一群患者分為治療組和對(duì)照組，再分開(kāi)性別觀察各組的應(yīng)答差異，所以這個(gè)實(shí)驗(yàn)的分組指標(biāo)就是干預(yù)方法和性別。適用多因素ANOVA、多重t檢驗(yàn)、熱圖等。

Contigency：看起來(lái)也像二維柱狀圖，但沒(méi)有誤差線，因?yàn)橐桓泳褪且粋€(gè)數(shù)字，沒(méi)有重復(fù)測(cè)量值。適用卡方檢驗(yàn)、Fishers檢驗(yàn)等。

Survival：這個(gè)比較單純，就是生存分析嘛，沒(méi)什么可解釋了。

Parts of whole：各部分占總體的比例。

下面就以Grouped這類(lèi)數(shù)據(jù)為例，看看GraphPad prism的統(tǒng)計(jì)流程。

二維分組數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)與作圖

直接用軟件的演示數(shù)據(jù)吧。左邊選了Grouped之后，選一份適用于常規(guī)兩因素方差分析的數(shù)據(jù)集，打開(kāi)。

可以看到它的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是這樣的：

兩個(gè)Group分別為兩個(gè)細(xì)胞系，野生型和GPP5細(xì)胞系。兩行分別為兩種處理方式，血清饑餓法和正常培養(yǎng)。所以它的分組指標(biāo)就是細(xì)胞系和處理方法兩種。每個(gè)單元格表示一個(gè)樣本。

發(fā)現(xiàn)野生型的血清饑餓組有一個(gè)值缺失了!二師兄你是不是手又抖了!好吧，幸好不是配對(duì)樣本，不要緊=_=

本來(lái)嘛，拿到這份數(shù)據(jù)就可以作圖了，點(diǎn)擊旁邊菜單中的Graphs，設(shè)置一些參數(shù)，再調(diào)整一下外觀啥的，這些我們應(yīng)該比較熟悉了。

可是啊，人家的圖都標(biāo)有好幾個(gè)“*”，表示哪組跟哪組之間有差異的呢。這個(gè)我怎么知道?我還要另裝一個(gè)SPSS計(jì)算好再過(guò)來(lái)畫(huà)圖嗎?

當(dāng)然不用哦~

先想想，我們的實(shí)驗(yàn)想要回答三個(gè)問(wèn)題：1) 各細(xì)胞系之間是否有差異;2) 各處理方式之間是否有差異;3) 各處理方式之間的差異在不同細(xì)胞系之間是否一致。

于是，點(diǎn)工具欄上的Analyze，彈出一個(gè)樹(shù)形結(jié)構(gòu)列表，包含Prism所有的統(tǒng)計(jì)分析方法，不過(guò)它會(huì)根據(jù)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)自動(dòng)打開(kāi)適用的二級(jí)列表，不適用的方法就折疊起來(lái)。是不是比SPSS那樣需要自己從一個(gè)個(gè)菜單中去尋找適用的統(tǒng)計(jì)方法要方便多了~

最上邊打開(kāi)的是各種數(shù)據(jù)變換，咱們暫時(shí)用不著。Grouped Analyses中則是適用的假設(shè)檢驗(yàn)，選Two-way ANOVA。點(diǎn)OK之后，就可以看到Prism更可愛(ài)之處啦~

在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)選項(xiàng)卡中，先選擇各數(shù)據(jù)是否配對(duì)。剛才說(shuō)了不是配對(duì)，就第一行。

你可以點(diǎn)下邊的幾行看看，下方圖示會(huì)配合著改變，輔助統(tǒng)計(jì)小白理解，比如第二行“每列是不同時(shí)間點(diǎn)”，圖示中黃綠色高亮的單元格就會(huì)變成A:Y2、B:Y2、C:Y2，表示這三個(gè)數(shù)值用從同一個(gè)樣本在不同時(shí)間點(diǎn)測(cè)量得到的。

下方的因子名稱也改變一下，如剛才所說(shuō)，兩個(gè)大列是兩種不同的細(xì)胞系，咱們改成Cell Lines，每行是不同的處理方式，改成Treatment。

再點(diǎn)旁邊的多重比較選項(xiàng)卡，它會(huì)問(wèn)你需要怎樣比較，橫著比、豎著比，還是各種比?同樣有萌萌的圖示輔助解釋。

根據(jù)剛才我們列的3個(gè)問(wèn)題，其實(shí)我們只需要橫著比 + 豎著比，但如果分別選擇的話還要出兩份結(jié)果，算了我選擇“各種比”，它除了橫比豎比之外附送的交叉比對(duì)我來(lái)說(shuō)沒(méi)什么意義，我不看就是了。

下方是每組各自比還是全都跟對(duì)照組(左上角)比，顯然我們的左上角并不是對(duì)照組，選各自比吧。

再來(lái)，右邊的Options選項(xiàng)卡，設(shè)置一些技術(shù)參數(shù)，這就需要一些統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)了。此處做多重比較，有可能增加族錯(cuò)誤率，需要選擇校正方法，詳情可以參考我們之前的推文講解《P<0.05就夠了?還要校正!校正!3個(gè)方法獻(xiàn)上》

現(xiàn)在我們選Bonferroni校正法、匯報(bào)校正后的P值、族顯著性水平設(shè)為0.05。

下邊的就自由選擇啦，要不要計(jì)算置信區(qū)間、要不要敘述結(jié)果、P值顯著性標(biāo)記幾級(jí)，等等。這里默認(rèn)4級(jí)，即P<0.05為“*”，<0.01為“**”，<0.005為“***”，<0.001為“****”。

點(diǎn)OK之后，可看到左邊文件列表中的Results文件夾下有四個(gè)新表，都是剛才統(tǒng)計(jì)分析的結(jié)果。

第一個(gè)是總表，為ANOVA分析的結(jié)果，它只能告訴我們各組間是否有差異，而不能告訴我們具體是哪組跟哪組有差異。

第二個(gè)表多重比較，就是告訴我們具體各組間比較的情況的。我就不貼整個(gè)表了，就截下我們比較關(guān)心的那部分看一看。

血清饑餓 – 野生型 VS 血清饑餓 – GPP5：****;血清饑餓 – 野生型 VS 正常培養(yǎng) – 野生型：***;等等等等我就不念經(jīng)了。

是的，這個(gè)在SPSS中是列成一個(gè)大交叉表讓你自己去橫向縱向?qū)ζ饋?lái)的，組多的時(shí)候簡(jiǎn)直要看瞎。

好了，我們可以根據(jù)這個(gè)結(jié)果列表，用上方的畫(huà)線和文字工具把滿天繁星(**)加到圖上。

變成這樣，可以很清楚地展示：血清饑餓法的兩個(gè)細(xì)胞系間有差異，而常規(guī)培養(yǎng)則沒(méi)有;野生型的兩種處理方法之間有差異，GPP5細(xì)胞的兩種處理之間也有差異。所以……唉結(jié)論自己下吧。

隨便改改外觀：

齊活了。

這次講的只是GraphPad Prism里一部分統(tǒng)計(jì)的功能，但作為統(tǒng)計(jì)軟件里最有顏值的、作圖軟件中最有內(nèi)涵的，GraphPad Prism從數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)到figure都可以一條龍服務(wù)。關(guān)鍵它還簡(jiǎn)單易學(xué)，和Excel一樣傻瓜，但比Excel規(guī)范得多。

在解螺旋科研單元課3中，老談教你從零基礎(chǔ)有重點(diǎn)地學(xué)習(xí)GraphPad Prism，讓你在短時(shí)間內(nèi)就能掌握多種數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)圖的制作，學(xué)完之后還有Graphpad Prism7軟件贈(zèng)送哦。

軟件功能

非線性回歸

非線性回歸是分析數(shù)據(jù)的重要工具，但通常比它需要的更難。沒(méi)有其他程序像 Prism 8 那樣可以簡(jiǎn)化曲線擬合。實(shí)際上，您通?？梢栽谝粋€(gè)步驟中擬合曲線。只需從常用方程的廣泛列表中選擇一個(gè)方程式(或輸入自己的方程式)，Prism 8 自動(dòng)完成剩下的方程式—擬合曲線，將結(jié)果顯示為表格，在圖表上繪制曲線，并插入未知值。

將多個(gè)數(shù)據(jù)集的數(shù)據(jù)并排放置在有組織的數(shù)據(jù)表上，Prism 8 可以同時(shí)將所有數(shù)據(jù)集放入其中。 可以將相同的模型分別放入每個(gè)數(shù)據(jù)集，使用全局非線性回歸在數(shù)據(jù)集之間共享參數(shù)值，或?qū)⒉煌哪Ｐ蛿M合到不同的數(shù)據(jù)集中。

Prism 8 注冊(cè)版還為您提供了許多先進(jìn)的配件選擇?？梢詫⒆罴褦M合參數(shù)的置信區(qū)間報(bào)告為不對(duì)稱范圍(輪廓似然法)，這比通常的對(duì)稱區(qū)間更精確。還可以從標(biāo)準(zhǔn)曲線中自動(dòng)插入未知值(即分析RIA數(shù)據(jù))，使用F檢驗(yàn)或Akaike的信息準(zhǔn)則(AIC)比較兩個(gè)方程的擬合，繪制殘差，識(shí)別離群值，差分權(quán)重?cái)?shù)據(jù)點(diǎn)，測(cè)試 正常性的殘差，等等。

可以理解的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)

雖然它不會(huì)取代大型統(tǒng)計(jì)程序，但 Prism 8 可以讓您輕松執(zhí)行實(shí)驗(yàn)室和臨床研究人員常用的基本統(tǒng)計(jì)測(cè)試。Prism提供t檢驗(yàn)，非參數(shù)比較、單、雙和三向方差分析，應(yīng)急表的分析和生存分析。分析選擇以清晰的語(yǔ)言呈現(xiàn)，避免了不必要的統(tǒng)計(jì)術(shù)語(yǔ)。

與其他程序不同，Prism 8 中文版提供可理解的統(tǒng)計(jì)幫助。從任何數(shù)據(jù)分析對(duì)話框中按“Learn”按鈕，Prism的在線文檔將解釋分析的原理，以幫助您做出適當(dāng)?shù)倪x擇。一旦做出選擇，Prism就會(huì)在有組織，易于理解的表格上展示結(jié)果。Prism 文檔超出了您的預(yù)期。其中一半以上用于徹底解釋基本統(tǒng)計(jì)和非線性曲線擬合，教您如何正確分析數(shù)據(jù)。

分析清單

完成分析后，Prism 獨(dú)特的分析檢查表可幫助確保選擇適合您的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的分析，并了解分析背后的假設(shè)。

追溯每一個(gè)分析

除非能準(zhǔn)確記錄數(shù)據(jù)的分析方式，否則這不是真正的科學(xué)。對(duì)Prism來(lái)說(shuō)這不是問(wèn)題。您遠(yuǎn)不會(huì)想知道結(jié)果如何。即使工作是由其他人完成的，您也可以查看(并更改)所有分析選擇，并查看分析順序(即在曲線擬合之前將X值轉(zhuǎn)換為對(duì)數(shù))。同樣，可以輕松檢查誤差條是否代表SD還是SEM(或其他)。

自動(dòng)化無(wú)需編程

Prism 8 項(xiàng)目的所有部分都是相互關(guān)聯(lián)的。這意味著當(dāng)修復(fù)數(shù)據(jù)輸入錯(cuò)誤時(shí)，Prism會(huì)自動(dòng)更新所有結(jié)果，圖形和布局。另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是可以立即分析重復(fù)實(shí)驗(yàn)。在使用來(lái)自一個(gè)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)完成分析和繪圖步驟之后，就不必重復(fù)所有這些步驟。Prism提供了幾種回收工作的方法—分析和繪制重復(fù)實(shí)驗(yàn)，無(wú)需重復(fù)任何繁瑣的步驟，無(wú)需任何腳本或編程。Prism還為那些想要更復(fù)雜的自動(dòng)化的人提供腳本語(yǔ)言。

自動(dòng)錯(cuò)誤條

如果輸入原始數(shù)據(jù)，Prism可以自動(dòng)將誤差條繪制為SD，SEM，范圍，四分位數(shù)范圍或95%置信區(qū)間。如果您在其他位置計(jì)算了誤差值，請(qǐng)將它們輸入標(biāo)記(SD或SEM)子列。Prism的分析(即t檢驗(yàn)，ANOVA，回歸)將考慮SD(或SEM)和樣本大小。

完整的工作記錄

Prism 項(xiàng)目文件不僅包含數(shù)據(jù)、分析和圖形。Prism文件可以是您實(shí)驗(yàn)的完整記錄。每個(gè)文件可以包含任意數(shù)量的數(shù)據(jù)表、信息頁(yè)面、分析結(jié)果、圖表和頁(yè)面布局。

數(shù)據(jù)表不僅可以包含分析的數(shù)據(jù)和圖形，還可以包含您決定排除的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)保留在數(shù)據(jù)表中(藍(lán)色斜體)。可以突出顯示稍后要查看的值。

每個(gè)信息頁(yè)面都可以存儲(chǔ)成非結(jié)構(gòu)化注釋和結(jié)構(gòu)化信息常量，例如批號(hào)、濃度、筆記本頁(yè)碼等。

圖形和布局可以用文字、線條、箭頭、方框、表格、方程式、圖片等裝飾。用顏色編碼的浮動(dòng)筆記對(duì)任何頁(yè)面進(jìn)行注釋，并突出顯示(您選擇的顏色)要再次查看的頁(yè)面名稱，或者希望其他人查看。

將Prism文件保存在計(jì)算機(jī)或網(wǎng)絡(luò)上，或直接保存到基于云的實(shí)驗(yàn)室筆記本LabArchives。

準(zhǔn)備發(fā)布

Prism將從原始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)移到圖形(或布局)，準(zhǔn)備好演示文稿、海報(bào)或出版物。單擊即可將完成的圖形或布局發(fā)送到PowerPoint或Word。當(dāng)然，復(fù)制和粘貼也可以。導(dǎo)出為T(mén)IFF、EPS、JPG或PDF(及更多)格式，以及滿足科學(xué)期刊要求所需的所有選項(xiàng)。

軟件更新日志

小提琴圖表

比使用盒須或簡(jiǎn)單條形圖更清晰地可視化大數(shù)據(jù)集的分布

子列圖

在單個(gè)圖形中組織嵌套數(shù)據(jù)的相關(guān)子集

平滑樣條曲線

通過(guò)Akima樣條和平滑樣條顯示一般數(shù)據(jù)趨勢(shì)的主要改進(jìn)，改進(jìn)了對(duì)結(jié)點(diǎn)數(shù)或拐點(diǎn)數(shù)的控制

沒(méi)有更多的微笑

在散點(diǎn)圖中更加智能地調(diào)整數(shù)據(jù)點(diǎn)位置，以獲得更好看的圖形

用居中文本繪制線條和括號(hào)

使用星號(hào)或自定義標(biāo)簽輕松注釋您的數(shù)據(jù)

自動(dòng)標(biāo)記條形圖

使用平均值，中位數(shù)或樣本大小的值來(lái)標(biāo)注條形圖，以強(qiáng)調(diào)工作中重要的內(nèi)容

改進(jìn)了分組圖

輕松創(chuàng)建圖形，顯示單個(gè)點(diǎn)(散點(diǎn)圖)以及平均值(或中位數(shù))和誤差線條