RNAdraw(rna二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測軟件軟件) v1.1b2綠色版 理科工具下載

RNAdraw是一款幫助用戶進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測分析的理科工具。允許你同時(shí)打開多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口，DOS/UNIX文本文件可以導(dǎo)入到序列編輯窗口和序列信息編輯窗口。功能非常強(qiáng)大。有需要的用戶趕快來9553下載體驗(yàn)吧。

軟件說明

RNAdraw是專為幫助用戶們進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析而打造的一款理科工具軟件，這款軟件擁有許多專業(yè)實(shí)用的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析工具，用戶們可以通過導(dǎo)入DOS/UNIX格式的文本數(shù)據(jù)文件，進(jìn)行多文檔窗口的RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)分析，操作簡單方便，讓您分析RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)更加方便。

功能特性

1、RNAdraw 是windows下的多文檔窗口(multiple document interface)軟件，允許你同時(shí)打開多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時(shí)幫助和退出程序。主窗口底部狀態(tài)欄最左邊的方框顯示鼠標(biāo)所在的菜單命令的提示信息，而右邊三個(gè)方框提供了當(dāng)前激活窗口內(nèi)容的信息。

2、RNAdraw中一個(gè)非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對象/窗口可以使用的功能列表。 工具條上的兩個(gè)按鈕打開即時(shí)幫助(左邊的按鈕)或當(dāng)前激活窗口的幫助(右邊的按鈕)

3、RNA文庫(RNA Library)用一種容易操作的方式來組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。用戶定制RNA文庫(Customize RNA Library)工具條/菜單選項(xiàng)可以讓你打開一個(gè)窗口，使用右鍵菜單可以增加/移動(dòng)/刪除文庫條目通過工具條上能量參數(shù)按鈕或右鍵菜單計(jì)算前的選擇項(xiàng).右鍵能量參數(shù)菜單包括恢復(fù)/重新設(shè)置數(shù)值、保存/載入?yún)?shù)方案等功能。

4、在RNAdraw中可以導(dǎo)入以下格式的文件:

DOS/UNIX文本文件可以導(dǎo)入到序列編輯窗口和序列信息編輯窗口。

GenBank查找的結(jié)果文件可以導(dǎo)入到RNAdraw. 不同的組成內(nèi)容會(huì)被放到相應(yīng)字段中去。

RNAfold結(jié)構(gòu)計(jì)算輸出文件可以當(dāng)成新文件導(dǎo)入，也可以與現(xiàn)存的文件合并。這樣就可以利用UNIX強(qiáng)大的計(jì)算功能來計(jì)算，然后用RNAdraw來處理結(jié)果。

Mfold關(guān)聯(lián)Connect (.ct,.con ( GCG PlotFold -H ))文件可以當(dāng)成新文件導(dǎo)入，也可以與現(xiàn)存的文件合并。這樣就可以用M. Zukers不同版本的mfold程序來計(jì)算最佳的結(jié)構(gòu)然后用RNAdraw來處理結(jié)果。

5、RNAdraw可以導(dǎo)出以下格式文件：

序列可以導(dǎo)出為文本文件或拷貝到剪貼板

二級(jí)結(jié)構(gòu)可以導(dǎo)出為.ct (connect) 文件

熱力學(xué)曲線導(dǎo)出為一個(gè)由兩列數(shù)字組成的文本文件

結(jié)構(gòu)/矩陣/熱力學(xué)曲線/概率柱狀圖可以導(dǎo)出為：

Windows位圖文件(.bmp)

Windows 標(biāo)準(zhǔn)/ 便攜placeable (推薦，在許多應(yīng)用程序中經(jīng)常使用)/增強(qiáng)(Win32 only)圖元文件, 這樣可以將結(jié)構(gòu)圖插入到諸如微軟Word之類的文件中

使用方法

1、點(diǎn)擊“File，在下拉菜單中選擇 ” “New File，輸入你想要的文件名，點(diǎn) ” OK。出現(xiàn)以下界面

點(diǎn)擊文件下的子文件，雙擊，進(jìn)行你的序列導(dǎo)入。通常進(jìn)行 RNA 結(jié)構(gòu)的計(jì)

算時(shí)，輸入的基因序列達(dá)到數(shù)千個(gè)之多， 但由于軟件本身與電腦的計(jì)算能力有限，建議先查找目的物的亞基所對應(yīng)的基因來分別進(jìn)行計(jì)算。

同時(shí)通過人工輸入長序列會(huì)很麻煩，在序列輸入時(shí)可以 copy and paste。在序列輸入框中右擊出現(xiàn)的下拉菜單中選擇 clipboard，在子菜單中選擇 paste from，來粘貼你所復(fù)制的序列。然后回車。序列輸入完畢。

2、二級(jí)結(jié)構(gòu)的計(jì)算

序列導(dǎo)入完成后，于文件下子目錄上右擊在下拉菜單中選擇 calculate，在子菜單中選擇 structure(s)，進(jìn)行計(jì)算(各項(xiàng)條件默認(rèn)，如果有條件可以改變條件設(shè)置)。以下為計(jì)算后程序框

雙擊藍(lán)色部分：

在彈出的窗口上右擊，選擇 view structure。則出現(xiàn)了該序列的 2D 結(jié)構(gòu)。

3、siRNA 靶點(diǎn)的篩選

在 siRNA 設(shè)計(jì)過程中，通過如 Ambiom siRNA Target Finder，所選取的可能的靶序列中，有些會(huì)存在空間阻礙，從而影響設(shè)計(jì)的 siRNA 的沉默效率。所以對得到的靶序列利用 RNAdraw 進(jìn)行二級(jí)結(jié)構(gòu)進(jìn)行篩選。

通常利用 Ambiom siRNA Target Finder 所查找到的靶序列會(huì)標(biāo)有序列起點(diǎn)核苷酸編號(hào)，通過這個(gè)編號(hào)在 RNAdraw 上進(jìn)行序列篩選。

在 RNAdraw 的二級(jí)結(jié)構(gòu)計(jì)算圖上右擊選擇 show mode，在對話框中繼續(xù)勾選 show bases和 loop numbers，選擇 Label Rate為 1。

點(diǎn)擊 ok 后出現(xiàn)了帶有堿基，編號(hào)，還有二級(jí)序列的結(jié)構(gòu)圖， 右擊可以進(jìn)行放大

通過靶序列對應(yīng)的核苷酸編號(hào)， 來對應(yīng)基因二級(jí)結(jié)構(gòu)上的序號(hào)， 驚醒空間結(jié)構(gòu)的篩選。將空間阻礙大的序列進(jìn)行排除。

4、文件的保存

在我們篩選完后可能有的結(jié)構(gòu)還需要檢查， 要對文件進(jìn)行保存。 右鍵點(diǎn)擊主文件，選擇 save file，保存到電腦。下次使用時(shí)，直接拖如程序框即可。