BioEdit(序列對(duì)比分析軟件) 7.1.9 最新版序列對(duì)比分析軟件

BioEdit 是一款專業(yè)強(qiáng)勢(shì)的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件,可以完成核苷酸序列和蛋白質(zhì)序列進(jìn)行所有常規(guī)的分析操作,如:序列比對(duì)、序列檢索、引物設(shè)計(jì)、系統(tǒng)發(fā)育分析等,和 DNAMAN。

軟件功能

手動(dòng)對(duì)齊的四種模式：選擇和滑動(dòng)、動(dòng)態(tài)抓取和拖動(dòng)、鼠標(biāo)單擊的間隙插入和刪除、以及像文本編輯器一樣的屏幕上打字。

在顏色對(duì)齊和編輯與單獨(dú)的核酸和氨基酸顏色表和全面控制背景顏色。

質(zhì)粒繪圖接口，用于從DNA序列自動(dòng)創(chuàng)建質(zhì)粒載體圖形。容易標(biāo)記位置，添加箭頭和曲線框的特征，并標(biāo)記限制性酶切位點(diǎn)。還顯示了詳細(xì)的多聯(lián)結(jié)和繪制可移動(dòng)的箭頭和形狀與繪圖工具。

基于動(dòng)態(tài)信息的對(duì)齊陰影。

點(diǎn)選彩色表編輯

顯示和打印具有專業(yè)外觀輸出的ABI色譜圖。

將序列分組為組或家庭。

用于同步手對(duì)齊調(diào)整的分組序列的鎖定對(duì)準(zhǔn)。

在對(duì)齊窗口中用動(dòng)態(tài)視圖注釋圖形序列，包括特征注釋信息工具提示。

鎖定序列以防止意外編輯。

指定在氨基酸和核苷酸序列中被認(rèn)為有效的字符。

在選定的列中按名稱、軌跡、定義、加入、PID / NID、引用、注釋或剩余頻率排序序列。

通過(guò)引用序列合并對(duì)齊。

將一個(gè)對(duì)齊方式附加到另一個(gè)結(jié)尾。

基本系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)查看器(用于PHYLIP格式樹(shù))，允許節(jié)點(diǎn)翻轉(zhuǎn)和打印。

在單序列編輯器中口頭讀取序列，以驗(yàn)證手寫(xiě)類(lèi)型的序列條目。

讀寫(xiě)GenBank、FASTA、PHYLIP 3.2、PHYLIP 4和NBRF/PIR格式。現(xiàn)在還讀取GCG和Clustal格式

利用Don Gilbert的RealSeq自動(dòng)導(dǎo)入和導(dǎo)出11種附加格式，包括MSF、ASN.1、IG/Stanford和Enbl。

允許直接從剪貼板導(dǎo)入兼容格式，而不必先保存到文件中。

編輯器窗口的快捷菜單的自定義定制

RNA對(duì)比分析，包括協(xié)變、潛在配對(duì)和互信息分析(目前能夠產(chǎn)生矩陣多達(dá)10000×10000 -但這將是一個(gè)600 + MB文件)矩陣?yán)L圖儀的2-D矩陣輸出表和面積繪圖的個(gè)別行的數(shù)據(jù)M阿特里克斯矩陣?yán)L圖儀和線圖都有點(diǎn)和點(diǎn)的數(shù)據(jù)選擇，矩陣?yán)L圖儀和矩陣數(shù)據(jù)的一維線圖現(xiàn)在是動(dòng)態(tài)鏈接的。

用繪圖儀查看非常大的矩陣的截面(測(cè)試到5183×5183矩陣=180 MB文件)

查看和操作對(duì)齊多達(dá)20000個(gè)序列。

二進(jìn)制文件格式(BioEdject項(xiàng)目格式)用于快速打開(kāi)和保存大排列——原核16S rRNA比對(duì)(29 MB文件)的6205個(gè)序列在233 MHz奔騰下不到10秒打開(kāi)和保存。

用戶自定義偏好的ORF搜索

帶密碼子使用的核酸序列的格式化翻譯，選擇一個(gè)或三個(gè)字母的氨基酸編碼，僅選擇核酸的區(qū)域的翻譯，以及起始/終止密碼子的選擇

用于同步和同步編輯同一文件中的兩個(gè)不同位置的拆分窗口視圖——垂直或水平分割窗口

氨基酸和核苷酸組成分析及繪圖

通過(guò)氨基酸翻譯對(duì)齊蛋白質(zhì)編碼核酸序列。

CulsSTW多序列比對(duì)(接口內(nèi)部，外部程序由DES希金斯et al.)與對(duì)齊的蛋白質(zhì)全標(biāo)題和GenBank字段信息的自動(dòng)更新，以及核苷酸序列編碼時(shí)，從蛋白質(zhì)序列的核苷酸序列。

蛋白質(zhì)疏水性/親水性圖

蛋白質(zhì)疏水矩矩陣圖(0～180)

在編輯窗口中可供選擇的系統(tǒng)字體

限制或任何框架翻譯，多酶選擇和輸出選項(xiàng)，循環(huán)DNA能力

制造商瀏覽限制性內(nèi)切酶

長(zhǎng)度至少4.6 Mb的序列可以被操縱(迄今為止測(cè)試的最大序列是大腸桿菌基因組(4.6 MB)——大腸桿菌被打開(kāi)，反向互補(bǔ)，翻譯成10125個(gè)密碼子延伸>100個(gè)氨基酸，并以完整的GenBank注釋打開(kāi)和保存)。

六個(gè)框架翻譯能夠?qū)φ麄€(gè)基因組進(jìn)行原始翻譯(用大腸桿菌基因組測(cè)試，約4.6 MB)。

保存GenBank格式的EntZEX文件，包含軌跡、定義、登錄、PID、NID、DbS源、關(guān)鍵字、源、引用、注釋和完整的特征字段。修改或添加您自己的信息。保存在GenBank格式的多個(gè)序列文件保留任何輸入信息。此信息也保存在BIOGEDIT項(xiàng)目文件格式中。

通過(guò)BIGEDGE圖形應(yīng)用配置接口配置和運(yùn)行附件應(yīng)用程序。

怎么導(dǎo)入序列

打開(kāi) BioEdit 的序列，選中要復(fù)制的序列。

在Sequence中選擇Extract Positions。

輸入起始位置和結(jié)束位置，點(diǎn)OK。

鍵盤(pán)按Ctrl+C進(jìn)行復(fù)制，新建一個(gè)文件，在File中選擇Import from Clipboard?；蛘咧苯訌?fù)制到記事本中。

怎么分析序列

打開(kāi) BioEdit 軟件，將序列粘到文本文檔中，如：“sequence1”，注意用fasta格式：

依次點(diǎn)擊BioEdit軟件的"file>open>"將“文本文檔 sequence1”打開(kāi)：

選中“sequence1”后，選中標(biāo)題欄中“sequence”>"Nucleic Acid">"Restriction Map"

在新的界面中選擇“Generate Map”

在出現(xiàn)的界面中，即是分析得到的酶切位點(diǎn)圖，可以顯示每個(gè)酶切位點(diǎn)在序列中的位置，拖滾動(dòng)條到最下面，可以看到酶不能切割的酶切位點(diǎn)。

怎么導(dǎo)出

可以調(diào)整顯示效果，需要對(duì)結(jié)果進(jìn)行調(diào)整標(biāo)注： File—save as

Txt格式可以對(duì)結(jié)果進(jìn)行編輯